Gastroenterology, sierpień 2022 r. Obserwujemy skokowy przyrost wiedzy o ekosystemie jelitowym. Wiele procesów patofizjologicznych zapewne będzie musiało być opisanych od nowa. Kilka uwag o dynamice zjawiska. Stosując sekwencjonowanie DNA Następnej Generacji (tzw. głębokie sekwencjonowanie DNA) zidentyfikowano kolejne wirusy obecne w kale człowieka . Szacowano, że w przewodzie pokarmowym człowieka liczba cząsteczek odpowiadających wirusom (VPL – virus-like particle) jest 10 krotnie większa niż liczba bakterii, podczas gdy bakteryjne DNA stanowi 93% DNA całego mikrobiomu , . Do niedawna (2017) większość, a według niektórych źródeł 75-95% odczytów metagenomowych dla wirusów była nawet niesklasyfikowana , . Jednym z ograniczeń w tej dziedzinie była też konieczność korzystania z hodowli komórkowych, na których wirusy komensalne namnażają się słabo. Dawało to możliwość badania tylko niewielkiej liczby tak otrzymanych szczepów . Badanie z sierpnia br. stanowi duży ilościowy postęp w konstruowaniu mapy ludzkiego wiromu, bo być może tak będziemy nazywali tę część mikrobiomu jelitowego składającą się z wirusów, w celu jej odróżnienia od wirionu, jak określa się pojedynczą cząstkę wirusa. Z technicznego punktu widzenia kluczowa jest ilość materiału w próbce niezbędna do odczytu sekwencji DNA w dużym zakresie. Dalej z wykorzystaniem tzw. bibliotek genomowych następuje identyfikacja i klasyfikacja tak zdefiniowanych cząstek wirusów. Ilościowa zmiana w tym zakresie…